Os pesquisadores do CEstA estão vinculados aos seguintes grupos de pesquisa da CNPQ:
• Algoritmos, Complexidade, e Otimização Combinatória
• Arqueologia Guarani: territorialidade e cultura material - UFRGS
• Centro de Estudos Mesoamericanos e Andinos - CEMA/USP
• Estudo de Terra Preta Arqueológica (Antropogênica) na Amazônia
• Grupo de Antropologia Visual – USP (LISA)
• Imagens, Narrativas e Práticas Culturais - INARRA/UERJ
• Inteligência e Conhecimento: Memória, Tecnologia e Organização da Informação
• Laboratório de Antropologia Simétrica – UERJ
• Núcleo de Antropologia Urbana – NAU/USP
• Nucleo de Estudos e Pesquisa da Narrativa-Nucen - UNEAL
• Núcleo de História Indígena e do Indigenismo – NHII/USP
• Paisagem e paleoetnobotânica na pré-história do Brasil
• Técnicas Analíticas Nucleares Aplicada a Estudos Ambientais e Arqueológicos