O Centro de Estudos Ameríndios (CEstA) foi criado em 2011 com o incentivo da Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo a novos Núcleos de Apoio à Pesquisa (NAPs). Ele surgiu, entre outras, da preocupação com a renovação e ampliação das atividades realizadas pelo Núcleo de História Indígena e do Indigenismo (NHII), fundado em 1990.
Neste sentido, lembramos que a tradição de estudo dos povos ameríndios remonta à fundação da Universidade de São Paulo, em 1934, quando Claude Lévi-Strauss foi convidado para lecionar nesta universidade. Tal tradição foi ampliada ao longo dos anos através da criação do Departamento de Antropologia da Faculdade de Filosofia Letras e Ciências Humanas, da incorporação do Museu Paulista e pela fundação do Museu de Arqueologia e Etnologia, em 1989. Entretanto, ainda que esta ampliação tenha consolidado importante acúmulo de conhecimentos sobre as populações ameríndias, foi marcada pela fragmentação da reflexão, consolidando uma tradição de isolamento disciplinar que este novo núcleo pretende romper.
O Núcleo de História Indígena e do Indigenismo foi fundado pela Profª. Drª. Manuela Carneiro da Cunha, então docente do Departamento de Antropologia da USP, que idealizou, com apoio de outros docentes de Universidades do Estado de São Paulo, um programa de pesquisa e a produção de trabalhos visando a renovação do conhecimento sobre a História Indígena e do Indigenismo no Brasil.